La historia de Ensenada se inicia propiamente en el puerto de Navidad, Colima el 27 de Junio de 1542 de donde zarpo el navegante portugués Don Juan Rodríguez Cabrillo arribando a estas tierras el 17 de Septiembre de 1542 imponiéndole el nombre de San Mateo.

Sesenta años mas tarde, en noviembre 1ro. de 1602 arribo Sebastián Vizcaino quien la llamo Ensenada de Todos Santos, al referirse dijo. "La costa hace Ensenada segura". En 1897 se le suprimió el de Todos Santos quedándole el nombre que perdura.

El grupo étnico que mas sobresalió en esta región fueron los cochimies, los grupos religiosos que predominaron fueron Los Dominicos fundando varias Misiones entre ellas: Misión Santo Domingo, San Vicente, San Miguel de la Frontera, Santo Tomas, etc.